Nacido en Riaño (Santander), Javier Madrazo vino con año y medio al barrio de Rekalde en Bilbao. Allí estudiaría 3 años teología y otros 3 años Ingeniería, decantándose posteriormente por la carrera de Filosofía. Actualmente está en excedencia de su puesto de profesor de esta última materia en el Instituto Ignacio Ellacuria, de Zurbaranbarri (Bilbao).

Javier Madrazo detesta "el egoísmo y la falta de honestidad. Yo valoro mucho a la buena gente. A la mala gente la rechazo". Aficionado del Athletic, el fútbol y la lectura le sirven para desconectar, "aunque siempre tienes el chip puesto pero no me agobio. Suelo dormir bien", dice.

Vinculado desde sus orígenes al movimiento pacifista de Euskadi, ha sido portavoz de Gesto por la Paz y Bakea Orain. Igualmente, ha colaborado con otros colectivos sociales, declarándose Objetor de Conciencia cuando este derecho aún no estaba legalizado

Inició su andadura política en 1986, afiliándose al Partido Comunista de Euskadi (PCE/EPK) y a Izquierda Unida/Ezker Batua. En ambas organizaciones ha ocupado distintos cargos de responsabilidad -inició su andadura política en 1986, afiliándose al Partido Comunista de Euskadi (PCE/EPK) y a Izquierda Unida/Ezker Batua-.

Con una estrategia próxima a los nacionalistas consiguió buenos réditos en su primera etapa, a lo que contribuyó en buena medida la crisis de los socialistas y el apoyo que cosechó entre los votantes de Euskadiko Ezkerra disconformes con la fusión con el PSE. IU sumó en los comicios autonómicos de 1994 seis diputados, un éxito sin precedentes para la coalición, hasta entonces extraparlamentaria.

Con la firma del pacto de Lizarra, IU experimentó un sustancioso descenso en las elecciones de 1998 al reducirse su presencia a dos diputados. En las anteriores elecciones autonómicas, su 5,5% de votos le proporcionó margen suficiente para formar grupo parlamentario y le permitió entrar a formar parte del Gobierno presidido por Ibarretxe. Madrazo ha presidido en estos 4 años la consejería de Vivienda y Asuntos Sociales.